Googleの検索結果に『補足結果』と表示されていませんか。この表示のあるページは、Googleから『ダメだし』されているということでしょう。
まず、ダメだしされたページが正常にインデックスされるためには、再度クロールされる必要があると思います。これは間違いないと思います。まず、ダメだしされたページがGoogleのロボットに定期的にクロールされているのかいないのか知る必要があります。サーバーのアクセスログが見れないのですが次の方法でそれを知ることができると思います。
このページはダメだしされたページからリンクされています。正常にインデックスされているページからはリンクされていません。このページがGoogleにインデックスされれば、ダメだしされているページはクロールされたものと判断します。
なお、『定期的に』は意識しないものとします。他の管理サイトのアクセスログを見る限りでは、『補足結果』が表示されていないページは定期的にクロールされていると判断できるからです。